فانی و الکساندر به عنوان فرزندان خانواده دوست‌داشتنی اکدال، زندگی شادی را در کنار والدین خود که یک گروه تئاتر را اداره می‌کنند، می‌گذرانند. با این حال، پس از مرگ غیرمنتظره پدرشان، با ازدواج مادرشان امیلی با یک اسقف سخت‌گیر، این خواهر و برادر سر از خانه‌ای بی‌روح و غم‌انگیز درمی‌آورند. این وضعیت تیره و تار با کنترل‌گرتر شدن اسقف رفته‌رفته بدتر می‌شود، اما بستگان دلسوز تلاش شجاعانه‌ای برای کمک به امیلی، فانی و الکساندر انجام می‌دهند.

هنریک ووگلر، کارگردان تئاتر منطقی، سخت‌گیر و خوددار، اغلب پس از پایان تمرین در سالن می‌ماند تا فکر و برنامه‌ریزی کند. در این روز، آنا ظاهراً به دنبال یک دستبند بازمی‌گردد. او بازیگر نقش اول نمایش جدید او، یعنی «یک نمایش رؤیا» اثر استریندبرگ است. او از نفرت خود نسبت به مادر متوفی‌اش صحبت می‌کند؛ بازیگر الکلی که زمانی ستاره نمایش‌ها و معشوقه ووگلر بود.

این مستند بلند که در طول ساخت فیلم «فانی و الکساندر» فیلم‌برداری شده است، مطالب گسترده‌ای از پشت‌صحنه تمرینات و جلسات فیلم‌برداری را ارائه می‌دهد که در آن اینگمار برگمان در حال چیدمان صحنه‌ها و کارگردانی بازی‌ها دیده می‌شود. فیلم بر فرآیند عملی تولید، از جمله همکاری با بازیگران اصلی و عوامل کلیدی مانند سون نیکویست فیلم‌بردار و آرنه کارلسون مستندساز پشت‌صحنه تمرکز دارد.